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INSTITUT DE BIOLOGIE DE L'ÉCOLE NORMALE SUPÉRIEURE

Présentation

Genomic Paris Centre est issu du rapprochement de la plateforme génomique de la Montagne Sainte-Geneviève et de la plateforme de séquençage à haut débit de l’Institut Curie. Cette structure a été mis en place officiellement en juillet 2012 lors de la réunion d’inauguration du consortium France Génomique. Actuellement la structure Genomic Paris Centre est regroupée sur 2 sites : le premier localisé à l’Institut de Biologie de l’École normale supérieure (IBENS), le second à l’Institut Curie.

Ce site web ne présente que les activités de la plateforme de l’IBENS de Genomic Paris Centre.

Historique

En 1998, l’Institut Curie, l’ESPCI et l’École normale supérieure (ENS Paris), ont mis en place, localisée à l’ENS, une des premières plateformes françaises dédiées à la production et l’analyse des données d’expression. La plateforme génomique de la Montagne Sainte-Geneviève ainsi créée, a eu dès l’origine pour objectif de rendre les technologies génomiques accessibles à tous, d’aider les laboratoires à gérer leurs projets haut débit et de vulgariser les approches à grande échelle à travers la communauté scientifique. Le suivi permanent de ces objectifs nous a permis d’être reconnus à l’échelle nationale grâce aux labellisations RIO (Réseau Inter Organismes : CNRS, INSERM, INRA et CEA) en 2002, RNG (Réseau National Génopôle) en 2005 puis IBiSA (Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie) en 2008.

En 2010, dans le cadre du renouvellement du label IBiSA, la plateforme génomique de la Montagne Sainte Geneviève s’est associée à la plateforme de séquençage à haut débit de l’Institut Curie. C’est sous cette structure que nous avons été retenu comme partenaire du consortium France Génomique financé sur le programme Investissement d’Avenir.

Fonctionnement

La plateforme génomique de l’IBENS suit depuis l’origine les recommandations de la charte IBiSA. Nous sommes ouvert à l’ensemble de la communauté scientifique ainsi qu’aux entreprises privées. Plusieurs comités ont ainsi été mis en place afin de permettre le suivi des activités de la plateforme.

Un comité de gestion se réuni au moins tous les mois pour examiner l’état d’avancement des projets déposés sur la plateforme et son fonctionnement courant.

Un comité scientifique qui se réuni une fois par an, composé des membres des instituts participants au financement de la plateforme (ENS, Institut Curie, Collège de France et Université Pierre et Marie Curie), propose des orientations stratégiques en terme d’équipement et de mode de fonctionnement de la plateforme.

Enfin un comité des utilisateurs se réuni une fois par an pour discuter du bilan de la plateforme et des orientations technologiques futures.

Technologies

Nous avons démarré notre activité avec les puces à ADN. Ainsi de 2000 à 2006 nous avons produit plus de 8 000 puces à ADN pangénomiques (souris, levure, drosophile) ou sur des projets plus spécifiques (diatomées, développement du système nerveux de la souris, régions répétées et CGH chez l’homme). Ces lames ont été distribuées sur plus de 130 projets dans 9 pays européens différents. Nos principaux utilisateurs provenaient d’instituts de recherche, d’hôpitaux et d’universités. Toutefois grâce à l’amélioration de la qualité des puces à ADN commerciales et à la baisse significative de leur coût, nous avons en 2006 organisé le transfert de notre production locale vers des fournisseurs extérieurs (Agilent et Nimblegen). Puis en 2010 face à l’essort du séquençage à haut débit nous avons réorienté nos efforts des puces à ADN vers le RNA-Seq et en 2013 nous avons cessé de supporter les applications sur les biopuces.

À partir de l’année 2007, le séquençage à haut débit a révolutionné le paysage de la génomique. Nous avons participé à cette transition dès 2008 à travers la mise en place de projets pilotes et surtout en mettant l’accent en premier lieu sur l’automatisation de l’analyse des données. Ce n’est qu’en 2010 que nous avons choisi d’investir dans un séquenceur à haut débit (Illumina HiSeq) qui a été installé sur la plateforme au printemps 2011. Ce choix nous a permis non seulement d’acquérir une machine plus abouti techniquement et plus fiable mais surtout d’offrir aux utilisateurs dès le démarrage de notre activité de séquençage à haut débit l’accompagnement pour l’analyse de leurs données. Cependant, parmi le vaste champ des applications possibles avec ces appareils la plateforme génomique a choisi de se focaliser principalement sur les applications en génomique fonctionnelle du séquençage à haut débit à travers les protocoles de RNA-Seq et ChIP-Seq.