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INSTITUT DE BIOLOGIE DE L'ÉCOLE NORMALE SUPÉRIEURE

Emplois et Formations

2018

Ingénieur en bioinformatique pour un CDD de 12 mois

19/09/2018

Dans le cadre de son activité de séquençage à haut débit de troisième génération, la plateforme de génomique de l’Institut de Biologie de l’École normale supérieure (IBENS, Paris 5ème) recherche un•e

ingénieur•e en bioinformatique pour un CDD de 12 mois

La plateforme génomique de l’IBENS (https://genomique.biologie.ens.fr) a pour but de faciliter l’accès des laboratoires publics à l’utilisation des technologies à haut débit et d’accompagner les utilisateurs le plus loin possible dans l’analyse des données en génomique fonctionnelle. Elle dispose de séquenceurs à haut débit (Illumina NextSeq 500 et Oxford Nanopore Technoloies (ONT) MinION) et de l’infrastructure informatique nécessaire à l’analyse des résultats obtenus.

Notre équipe a actuellement deux axes en recherche et développement :

  • Le séquençage RNA-Seq de lectures longues à l’aide d’un séquenceur de troisième génération ONT afin d’accéder directement à la séquence complète des isoformes ;

  • Le séquençage de transcriptome de cellules uniques produites par l’appareil « Chromium » de 10X Genomics.

Nous disposons en outre d’une longue expérience dans le développement d’outils permettant d’automatiser le traitement et l’analyse des données brutes produites par les séquenceurs pour fournir aux biologistes des résultats interprétables (Aozan et Eoulsan). Nous avons ainsi développé dernièrement un outil de contrôle qualité des runs Nanopore (ToulligQC) très utilisé par la communauté.

Missions :
Aujourd’hui, nous souhaitons renforcer notre équipe bioinformatique pour améliorer la qualité de nos prestations dédiés au séquençage Nanopore. Dans ce cadre :

  • Vous aurez en charge le développement de nouveaux modules pour Eoulsan adaptés aux prestations de séquençage de la plateforme de génomique ;

  • Vous contribuerez à la veille scientifique dans le domaine des outils d’analyses des résultats de séquençage de lectures longues ;

  • Enfin vous participerez à l’analyse des projets qui nous sont confiés dans le cadre de notre activité de prestation de recherche en collaboration avec les chercheurs.

Profil :
Bioinformaticien•ne ou bioanalyste titulaire d’un Master ou équivalent, vous maîtrisez le langage R (Bioconductor) et l’utilisation des outils statistiques. La connaissance d’un langage de programmation (de préférence Python ou Java et des bibliothèques pandas, numpy/scipy, matplotlib/seaborn…), du shell (Bash) et de l’environnement de travail Linux est requise.

Une bonne compréhension des problématiques biologiques est importante car l’analyse des données sera effectuée en étroite interaction avec les biologistes.
La connaissance de l’anglais (lu, écrit, parlé) est nécessaire. Par ailleurs, vous devrez faire preuve de rigueur, de dynamisme et d’esprit d’équipe pour intégrer dans les meilleures conditions notre plateforme.

Il s’agit d’un Contrat à Durée Déterminée devant commencer à partir de novembre 2018 pour une durée de 12 mois renouvelable.

Les candidats intéressés sont encouragés à envoyer leur candidature (CV, lettre de motivation, références) à Laurent JOURDREN (jourdren@biologie.ens.fr).

2015

Offre de stage

01/08/2015

Nous accueillons chaque année un ou deux stagiaires dans le cadre de stages (obligatoires ou facultatifs). Ces stages portent aussi bien sur les aspects expérimentaux que bioinformatique des sujets qui sont traités par la plateforme de génomique de l'IBENS. Si vous êtes intéressés par nos approches technologiques, n'hésitez pas à nous contacter pour proposer votre candidature.