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INSTITUT DE BIOLOGIE DE L'ÉCOLE NORMALE SUPÉRIEURE

Emplois et Formations

2016

Stage de Master

11/10/2016

Les technologies de séquençage de seconde génération permettent d’obtenir des milliards de séquences pour un prix très bas comparé au séquençage classique avec la méthode de Sanger. Cependant ces lectures sont de tailles plus courtes (maximum de 300 bases de long pour la méthode Illumina). Aujourd’hui les séquenceurs de troisième génération ont atteint une certaine maturité et sont capables de produire des tailles de lectures de plusieurs kilobases.

En génomique fonctionnelle, obtenir des séquences longues pourrait être très utile dans l’analyse du transcriptome car cela permettrait d’accéder directement à la séquence complète des isoformes présentes dans chaque condition étudiée, alors qu’aujourd’hui seules des méthodes mathématiques d’inférence sont disponibles pour effectuer ce recensement.

 

La plateforme génomique de l’Institut de Biologie de l’École normale supérieure (IBENS) est spécialisée en génomique fonctionnelle (RNA-Seq et ChIP-Seq) chez les eucaryotes. Elle a fait l’acquisition d’un séquenceur MinION de la société Oxford Nanopore et souhaite pouvoir l’utiliser pour le séquençage des transcrits pleine longueur.

 

Le but du sujet de stage que nous proposons est de développer les outils bioinformatiques permettant d’intégrer cette nouvelle technologie à notre chaine d’analyse de RNA-Seq basée sur les lectures courtes d’Illumina et d’offrir aux biologistes une combinaison de ces deux approches (Illumina et Oxford Nanopore).

Nous avons sur la plateforme une longue expérience de la mise en place d’outil d’analyse automatisé et distribué (Eoulsan, Aozan), utilisant des serveurs locaux ou distants (Cloud computing, grilles de calculs, …). Nous voulons ici mettre en place un outil dont le code sera accessible sur GitHub et une image Docker facilitant son installation et son utilisation par le plus grand nombre.

 

Si l’étudiant en Master le souhaite et est intéressé par le travail sur une plateforme, il y a la possibilité de continuer après le Master et travailler sur la plateforme en tant qu’ingénieur en bioinformatique.

2015

Offre de stage

01/08/2015

Nous accueillons chaque année un ou deux stagiaires dans le cadre de stages (obligatoires ou facultatifs). Ces stages portent aussi bien sur les aspects expérimentaux que bioinformatique des sujets qui sont traités par la plateforme de génomique de l'IBENS. Si vous êtes intéressés par nos approches technologiques, n'hésitez pas à nous contacter pour proposer votre candidature.