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INSTITUT DE BIOLOGIE DE L'ÉCOLE NORMALE SUPÉRIEURE

2018

Bioinformatician engineer Single Cell RNA-seq

2018-03-21

Pour l’analyse d’une étude de transcriptomique sur les cellules uniques, le laboratoire Développement du Système Nerveux et la plateforme Génomique de l’Institut de Biologie de l’École normale supérieure (IBENS, Paris 5ème) recherchent un•e

Responsable de projets en bio-informatique pour un CDD de 12 mois

Le laboratoire Développement du Système Nerveux s’intéresse aux mécanismes qui gouvernent le développement précoce du système nerveux périphérique (SNP). Nos travaux sont focalisés sur l’analyse moléculaire des cellules des capsules frontières (CF), population cellulaire pluripotente qui participent au développement en tant que source des neurones, des cellules gliales et des pericytes. Cette étude vise à identifier les acteurs moléculaires impliqués dans ces mécanismes en réalisant analyse du transcriptome des cellules CF isolées.

La plateforme Génomique de l’IBENS a pour but de faciliter l’accès des laboratoires publics à l’utilisation des technologies à haut débit et d’accompagner les utilisateurs le plus loin possible dans l’analyse des données en génomique fonctionnelle. La plateforme génomique dispose de séquenceurs à haut débit (NextSeq et MinION) et de l’infrastructure informatique nécessaire à l’analyse des résultats obtenus.

Missions :

Nous souhaitons aujourd’hui développer une collaboration entre le laboratoire Développement du Système Nerveux (production des échantillons) et la plateforme Génomique (préparation des banques, séquençage et analyse des données) autour de l’analyse des données produites par l’appareil « Chromium » de 10X Genomics permettant l’analyse du transcriptome de cellules uniques. Des premiers résultats très prometteurs ont été obtenus. Dans ce cadre :

  • Vous aurez en charge l’analyse des données d’expression des transcrits dans les cellules uniques produites par les biologistes de l’équipe du laboratoire de Biologie du Développement ;
  • L’analyse de projet sera menée via l’utilisation de l’outil modulaire (Eoulsan) développé par la plateforme Génomique ;
  • Vous contribuerez à la veille scientifique dans le domaine de l’analyse des données provenant de cellules uniques en relation avec l’équipe de Denis Thieffry (IBENS) qui travaille déjà sur ces problématiques ;
  • Enfin vous pourrez avoir à développer ou intégrer des outils dans Eoulsan pour permettre la réutilisation par tous de vos méthodes dans le cadre d’analyse d’autres projets.

Profil :

Bioinformaticien•ne ou bioanalyste titulaire d’un Master ou équivalent minimum, vous maîtrisez le langage R (Bioconductor) et l’utilisation des outils statistiques. La connaissance d’un langage de programmation (de préférence Python et des bibliothèques pandas, numpy/scipy, matplotlib/seaborn…), du shell (bash) et de l’environnement de travail Linux est requise.

Une bonne compréhension des problématiques biologiques est essentielle car l’analyse des données sera effectuée en étroite interaction avec les biologistes.
La maîtrise de l’anglais (lu, écrit, parlé) est nécessaire. Par ailleurs, vous devrez faire preuve de rigueur, de dynamisme et d’esprit d’équipe pour tirer le meilleur parti de cette collaboration entre un laboratoire de recherche et une plateforme technologique.

Il s’agit d’un Contrat à Durée Déterminée pouvant commencer dès que possible pour une durée de 12 mois potentiellement renouvelable.

Les candidats intéressés sont encouragés à envoyer leur candidature (CV, lettre de motivation, références) à Laurent JOURDREN (jourdren@biologie.ens.fr).

2015

Internship offer

2015-08-01

We welcome each year one or two students to perform an internship (mandatory or optional). These internships focus either on experimental or bioinformatics aspects of the subjects we are working on at the IBENS genomic platform. If you are interested by our technological approaches, do not hesitate to contact us to submit your application.